Т.е. нужно будет писать или с двух разных карт.
1. Не могли бы вы посоветовать карту которая поддерживает запись с двух источников?
2. Второй вариант?
3. Возможно писать с одной карты левый и правй каналы раздельно в разные програмы?
"или с двух разных карт" - это ошибка... второго варианта в общем-то нет.
Писать скорее всего придется с 2-х разных карт. Даже если карта поддерживает включение двух и более источников записи, то они будут смешиваться в один канал, т.е. разделить запись на разные потоки не получится.
Проще в таком случае купить вторую карту, можно и самую дешевую, и записывать двумя программами.